背景与目的 病原菌感染可增加结石形成风险，研究胆总管结石患者胆汁和肠道病原菌特点及其与结石复发的相关性对于降低复发风险以及指导医生采取针对性抗菌治疗具有重要临床意义。方法 选取2019年6月—2021年6月于海南省琼海市人民医院普通外科接受治疗的82例胆总管结石患者，采用全自动细菌鉴定仪检测胆总管结石患者胆汁和十二指肠液的病原菌，比较胆汁和十二指肠液的病原菌分布特点。根据结石治疗情况分为初发组和复发组，比较两组患者的菌群丰度以及菌群多样性，并分析与结石复发的相关性。结果 82例患者中，有68.29%（56/82）的胆汁标本检测出病原菌，53.65%（44/82）的十二指肠液标本检测出病原菌，两者差异无统计学意义（χ²=3.536，P=0.060）。56份胆汁标本共培养出68株病原菌，其中革兰氏阴性菌48株（70.59%），革兰氏阳性菌18株（26.47%），真菌2株（2.94%）。44份十二指肠液标本共培养出50株病原菌，其中革兰氏阴性菌36株（72.00%），革兰氏阳性菌13株（26.00%），真菌1株（2.00%）。胆汁、十二指肠液中的革兰氏阴性菌（70.59%、72.00%）、革兰氏阳性菌（26.47%、26.00%）及真菌（2.94%、2.00%）构成对比，差异无统计学意义（χ²=0.111，P=0.946）。82例患者中结石初发组58例，结石复发组24例，复发组的胆汁感染率（87.50%）、十二指肠液感染率（70.83%）明显高于初发组（63.79%、46.55%）；复发组预防使用抗生素比例低于初发组（50.00% vs. 77.59%）；初发组的Chaol指数高于复发组（425.16±81.55 vs. 390.44±72.73）（P<0.05）。Logistic回归分析显示，胆汁感染（OR=1.868，95% CI=1.069~3.266）、十二指肠液感染（OR=2.102，95% CI=1.116~3.959）均可增加胆总管结石复发风险，而预防使用抗生素是胆总管结石复发的保护因素（OR=2.647，95% CI=1.354~4.581）（P<0.05）。结论 胆总管结石患者胆汁和肠道病原菌分布具有相似性，胆汁病原菌可能来自于十二指肠液，可增加复发风险。胆汁感染、十二指肠液感染均可增加胆总管结石复发风险，而预防使用抗生素是胆总管结石复发的保护因素。