摘要:背景与目的 研究发现跨膜蛋白（TMEM）家族基因与肿瘤关系密切，TMEM201是TMEM家族的一员，其在肝细胞癌（HCC）中的表达与作用目前尚不清楚。因此，本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用，并预测其在HCC中可能作用的通路，进而探讨机制。方法 在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据，并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息，分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况，并绘制生存曲线，分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据，分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因，并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果 泛癌分析结果显示，TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示，TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织（均P<0.05），且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示，TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示，TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外，功能富集分析显示，TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论 TMEM201在HCC组织中高表达，是影响HCC患者预后的独立危险因素，TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。

摘要:背景与目的 肝癌是消化道恶性肿瘤之一，发病率高、病死率高。铜死亡是一种铜依赖、新型的细胞死亡方式，继发于铜过载诱发的线粒体功能受损。铜死亡在多种肿瘤中扮演重要作用，但其与肝癌的关系尚不清楚。因此，本研究探讨铜死亡相关基因在肝癌中的表达特征，以及与肝癌预后及免疫浸润的关系。方法 从TCGA和GTEx数据库下载肝癌和正常肝脏组织转录组数据进行差异表达和突变分析。采用R语言“clusterProfiler”包进行GO和KEGG富集分析。采用LASSO、单因素和多因素回归分析筛选影响肝癌患者预后的基因并构建风险因子图。使用R包“rms”构建列线图。使用UALCAN数据库分析铜死亡相关基因与肝癌临床病理特征的关系并验证。使用Spearman相关性分析铜死亡相关基因与免疫细胞浸润和免疫检查点的相关性。采用TIMER2.0数据库分析铜死亡相关基因表达与肿瘤相关成纤维细胞（CAF）浸润的相关性，采用TISDB数据库分析CDKN2A和DLAT表达与髓源抑制性细胞（MDSC）浸润丰度的相关性。结果 与正常肝脏组织比较，9个铜死亡相关基因在肝癌中表达显著升高，CDKN2A突变频率最高。铜死亡相关基因主要参与蛋白质脂酰化、三羧酸循环、柠檬酸循环等生物过程。基于LASSO、单因素与多因素回归分析筛选出影响肝癌患者总体生存率（OS）的基因CDKN2A和DLAT，并以此构建风险因子图，时间依赖性受试者工作特征曲线显示其具有较好的预测能力。通过单因素和多因素回归分析筛选出CDKN2A、DLAT、T分期和肿瘤状态是影响肝癌患者OS的独立预后因素，基于上述因素构建了列线图，校正曲线显示该列线图预测和实际观察之间有很好的一致性。UALCAN数据库分析发现CDKN2A、DLAT与肝癌临床分期、肿瘤分级有关，且GEO数据库、HPA数据库及肝癌细胞中的验证结果与之一致。相关性分析显示，CDKN2A和DLAT表达与免疫细胞浸润和免疫检查点表达相关；TIMER2.0数据库分析显示，DLAT表达与CAF浸润明显正相关；TISDB数据库分析显示，CDKN2A和DLAT表达与MDSC浸润丰度无相关性。结论 铜死亡相关基因CDKN2A、DLAT可能是肝癌新的预后生物标志物和免疫治疗的新靶点。

摘要:背景与目的 溶质载体家族2成员1（SLC2A1）基因编码的葡萄糖转运蛋白1（GLUT1）与糖酵解途径密切相关，而糖酵解是恶性肿瘤供能的主要生理途径，因此，SLC2A1可能与多种恶性肿瘤的发生发展有关。鉴于SLC2A1在肝细胞癌（HCC）中的表达及生物学功能并不完全清楚，本研究通过生物信息学方法和临床研究探讨SLC2A1在HCC中的表达及意义。方法 从癌症基因组图谱数据库（TCGA）下载HCC患者的RNA-seq数据与临床信息，分析SLC2A1在HCC中的表达、预后价值，以及对不同SLC2A1表达水平HCC患者差异表达基因做富集分析和相关性分析。收集江苏省苏北人民医院80例临床HCC患者的手术标本与临床病理资料，分析SLC2A1在HCC中的表达情况，以及SLC2A1表达水平与患者临床病理特征、预后的关系，并筛选影响患者预后的独立危险因素。结果 TCGA数据库分析结果显示，SLC2A1 mRNA在HCC中高表达，并且高表达患者的总生存期（HR=2.50，95% CI=1.76~3.56，P<0.001）、疾病特异性生存期（HR=2.13，95% CI=1.34~3.37，P=0.001）和无复发间期（HR=1.42，95% CI=1.05~1.93，P=0.025）均明显差于低表达患者；其表达水平与RNA甲基化、免疫细胞浸润程度有关（均P<0.05）。80例患者临床病理资料的比较分析结果显示，SLC2A1蛋白在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织（P<0.05）；SLC2A1表达水平与TNM分期、乙型病毒性肝炎和血管侵犯明显有关（均P<0.05）。单因素分析显示，TNM分期（HR=1.921，95% CI=1.365~1.554，P=0.01）、血管侵犯（HR=1.925，95% CI=1.253~2.958，P=0.003）、乙型病毒性肝炎（HR=1.365，95% CI=0.624~1.654，P=0.029），甲胎蛋白（HR=1.629，95% CI=1.063~2.479，P=0.025）和SLC2A1（HR=1.934，95% CI=1.261~2.965，P=0.002）与患者预后有关，多因素分析表明，血管侵犯（HR=1.657，95% CI=1.036~2.652，P=0.035）和SLC2A1（HR=1.753，95% CI=1.132~2.715，P=0.012）是HCC患者预后的独立危险因素。结论 SLC2A1在HCC中高表达，其高表达与患者不良预后密切相关。SLC2A1除了具有参与糖酵解功能外，还可能具有多种生物学功能，对其进一步研究有望为HCC的防治及预后评估找到新的靶点。

摘要:背景与目的 亚甲基四氢叶酸脱氢酶1（MTHFD1）在多种肿瘤中发挥重要作用。然而，MTHFD1在胰腺癌中的作用尚不明确。因此，本研究通过生物信息学分析及临床样本验证，探讨MTHFD1在胰腺癌中的表达及临床意义，同时对MTHFD1在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法 使用GEPIA2在线平台对TCGA胰腺癌数据进行MTHFD1的差异表达分析、生存分析以及病理分期分析，分析MTHFD1表达与胰腺癌患者临床病理特征的关系；Cox比例风险模型进行TCGA数据单因素与多因素分析。通过GO、KEGG和GSEA分析预测MTHFD1在胰腺癌中可能的机制。用免疫组化法、qRT-PCR和Western blot检测80例胰腺癌和癌旁组织中MTHFD1的表达情况，并分析其表达与临床病理特征的关系。结果 在TCGA数据库中，胰腺癌组织中的MTHFD1表达量明显高于正常组织（P<0.05）；MTHFD1在胰腺癌中高表达患者与不良预后明显相关（P=0.007）；TCGA数据显示MTHFD1的表达与肿瘤分期密切相关（P<0.05）；MTHFD1的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素（HR=1.777，P=0.01）。GO分析、KEGG分析和GSEA分析显示MTHFD1与细胞周期有关，相关性热图表明，MTHFD1基因与细胞周期具有高度相关性。TIMER数据库中，MTHFD1表达水平与B细胞、CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞等免疫细胞有明显相关性（均P<0.05）。GDSC数据库显示，MTHFD1低表达组患者与高表达组患者相比对多种治疗药物更敏感。临床胰腺癌标本中，胰腺癌组织中MTHFD1的阳性表达率、mRNA和蛋白表达水平明显高于癌旁组织（均P<0.05）；MTHFD1的表达与肿瘤分化程度、临床分期、淋巴结转移及神经浸润有关（均P<0.05）；MTHFD1高表达患者总生存期明显短于低表达患者（P<0.05）。结论 MTHFD1在胰腺癌组织中高表达，并与不良预后相关，在胰腺癌中MTHFD1可能通过细胞周期参与肿瘤的发生、发展，并与肿瘤免疫细胞浸润过程相关。

摘要:背景与目的 胃癌是一种在全球范围内极为普遍的恶性肿瘤，其发生率之高使其成为全球癌症死亡的一个重要因素。研究发现，序列相似性家族49成员B（FAM49B）在包括胃癌在内的大多数肿瘤中显著上调，但FAM49B在胃癌发生和发展中的角色，目前仍然知之甚少。因此，本研究探讨FAM49B在胃癌中的作用及机制，以期为胃癌的治疗提供新的途径。方法 基于TCGA和GEO数据库，进行FAM49B的表达、生存分析、免疫浸润评估、基因集富集及蛋白质相互作用（PPI）网络分析。收集胃癌临床样本，采用免疫组化、qRT-PCR和Western blot检测FAM49B的表达水平，并分析其表达与患者临床病理因素的关系。体外实验分析FAM49B在胃癌细胞系中的表达，并采用CCK-8、EdU、Transwell和流式细胞术分析FAM49B对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭及细胞周期的影响。结果 生物信息学分析显示，FAM49B基因在胃癌的肿瘤组织中呈明显高表达，同时FAM49B的高表达与M1/M2巨噬细胞极化过程密切相关，FAM49B高表达的胃癌患者预后更好；富集分析显示，FAM49B高表达组富集于p53信号通路，而低表达组富集于ERBB信号通路，PPI网络分析显示，FAM49B与FAM49A、ACTN1、THSD4、RAC3、EGFR等蛋白有高度相互作用。在胃癌组织和细胞系中，FAM49B的mRNA和蛋白表达均明显上调（均P<0.05）；FAM49B的表达与肿瘤大小及胃癌的浸润深度呈反向关系（均P<0.05）。敲除FAM49B基因后，胃癌细胞的增殖和转移能力明显增强，而过表达FAM49B后则成反向变化（均P<0.05）；敲除FAM49B的胃癌细胞G1期比例明显降低，S期升高，伴随cyclin E1和cyclin D1蛋白表达下调，而过表达FAM49B的胃癌细胞G1期百分比升高，S期和G2期百分比降低，伴随cyclin E1和cyclin D1蛋白表达上调（均P<0.05）。此外，敲除FAM49B后，胃癌细胞中N-cadherin、vimentin及c-myc表达上调，p53表达下调，而过表达FAM49B后，胃癌细胞中这些蛋白的表达呈反向变化。结论 FAM49B在胃癌中呈现高表达，但其发挥了抑癌作用。其作用机制可能与调控巨噬细胞极化、上皮-间充质转化以及p53通路有关。

摘要:背景与目的 山柰酚是一种天然黄酮类化合物，可以调节各种与癌症相关的过程和活动，如细胞周期、氧化应激、细胞凋亡、增殖、转移和血管生成，且其抗乳腺癌的潜力已得到了一些研究的验证，但其作用机制尚不清楚。因此，本研究探讨山柰酚治疗乳腺癌的潜在作用靶点和通路，并建立预后模型。方法 基于网络药理学和生物信息学方法，利用HERB、GeneCards、STRING、Pubchem、RSCD PDB、TCGA等数据库获取山柰酚治疗乳腺癌的交集靶点进行蛋白互作、GO分析及KEGG通路富集分析，并进行分子对接进行验证。用LASSO-Cox回归分析获取预后相关基因并建立风险评分模型，分别对单基因进行预后分析，并分析风险评分和免疫浸润的相关性。结果 网络药理学分析获得55个交集靶点，蛋白互作分析结果获得5个潜在关键基因（Akt1、Bcl2、CASP3、ESR1、AR）。GO分析结果发现山柰酚治疗乳腺癌涉及1 604个生物学过程条目、20个细胞组成条目，121个分子功能条目。KEGG通路富集主要包括化学致癌-活性氧信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等。分子对接结果表明，山柰酚与关键靶点具有强大的亲和力，与ESR1结合效果最好（-9.1 kcal/mol）。通过LASSO-Cox回归分析获得了10个预后基因（Bcl2、CYP1B1、DPP4、GSTM1、GSTM2、MMP1、NCOA2、NOS2、NR1I3、PTGS2），并以此建立风险评分模型。该模型预测乳腺癌患者预后的AUC>0.5。单基因预后分析提示，Bcl2（HR=0.61，95% CI=0.43~0.86，P=0.005）、CYP1B1（HR=0.68，95% CI=0.49~0.94，P=0.022）、GSTM1（HR=0.68，95% CI=0.47~0.98，P=0.037）、GSTM2（HR=0.64，95% CI=0.46~0.90，P=0.010）、PTGS2（HR=0.62，95% CI=0.44~0.86，P=0.005）高表达组的总生存（OS）期均高于各自的低表达组；MMP1（HR=1.72，95% CI=1.22~2.41，P=0.002）、NCOA2（HR=1.71，95% CI=1.12~2.60，P=0.013）、NOS2（HR=1.67，95% CI=1.20~2.32，P=0.002）、NR1I3（HR=1.69，95% CI=1.21~2.37，P=0.002）高表达组的OS均低于各自的低表达组。预后模型评分与T细胞、CD8+ T细胞、髓样树突细胞、NK细胞、B细胞的浸润呈负相关，与单核/巨噬细胞的浸润呈正相关（均P<0.05）。结论 山柰酚可通过多靶点、多通路发挥治疗乳腺癌作用。基于其作用相关靶点筛选出来的预后基因及建立的预后模型可为乳腺癌的临床治疗提供指导；预后模型与免疫的相关性可为下一步实验研究提供了方向。

摘要:背景与目的 胰腺癌是预后极差的恶性肿瘤，其5年生存率约为11.5%，有将近半数的患者在初诊时已出现远处转移，而肝转移则占到其中的37.0%~41.9%。探索新的胰腺癌肝转移的生物标志物可能有助于提高患者治疗的效果。因此，本研究通过生物信息学方法寻找在胰腺癌肝转移过程起关键作用的基因并验证。方法 下载GEO数据库中的胰腺导管腺癌（PDAC）高通量测序数据集GSE151580（该数据集中包含胰腺癌肝转移病灶组织样本和原发病灶组织样本），使用R语言“limma”包筛选出肝转移病灶组织样本和原发病灶组织样本间的差异表达基因。对差异表达基因进行GO和KEGG功能富集。利用STRING数据库构建蛋白质间的相关作用关系，使用Cytoscape对蛋白质相互作用网络进行可视化展示并利用CytoHubba插件根据MCC拓扑分析方法，挑选MCC分数最高的前10位基因，确定为候选的核心基因。利用TCGA、GEPIA、UALCAN和HPA数据库的验证对候选的核心基因加以验证。结果 总共纳入分析基因数为46 512个，符合筛选条件的差异表达基因数为491个，其中上调162个，下调329个。挑选MCC分数最高的前10位基因后，通过候选基因经验证显示，APOB基因在肿瘤组织中高表达（P<0.05），其表达产物主要定位于细胞质和细胞膜，免疫组化中等强度阳性。APOB基因的突变与患者的M分期有关，表现为该基因突变组中，M1患者构成比更大（P=0.022 1）；而该基因的表达与患者的总生存（OS）率和无病生存（DFS）率均无明显关系（均P>0.05）。此外，APOA4基因表达产物也主要定位于细胞质和细胞膜，免疫组化染色呈中等强度阳性。APOA4基因的突变与患者的TNM分期有关，表现为突变组中，TNM分期更早（P=0.018 3）。该基因低表达患者的DFS更高（HR=1.75，P=0.025），但与患者的OS无关（P>0.05）。结论 APOB基因可能与胰腺癌的肝转移相关，有望作为胰腺癌肝转移早期筛查的分子标志物。APOA4基因与胰腺癌患者的DFS相关，有望成为新的分子标志物用于评价患者预后，监测肿瘤复发，或作为潜在的基因治疗靶点。

摘要:背景与目的 ATP结合盒（ABC）转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而，ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此，本研究通过生物信息学分析及临床样本验证，探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系，同时对ABCA5在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法 使用TCGA和GEO数据库，分析ABCA5在胰腺癌组织及正常组织中的表达情况，并用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线，Cox比例风险模型进行单因素与多因素分析。采用免疫组织化学法检测65例胰腺癌组织和癌旁组织中ABCA5的表达，并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。使用TIMER、STRING和Gene MANIA数据库对ABCA5与免疫细胞浸润、蛋白互相作用网络（PPI）和基因-基因互作网络进行分析。利用基因富集分析（GSEA）和相关性分析对ABCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路及其可能的作用机制进行探索。通过癌症药物敏感性基因组学（GDSC）分析ABCA5与治疗药物敏感性的关系。结果 在TCGA和GEO数据集中，ABCA5在胰腺癌组织中的表达明显低于正常组织（均P<0.05）。在TCGA和GSE62452数据集中，ABCA5低表达的患者生存时间明显缩短（均P<0.05）；ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素（HR=0.458，P=0.001；HR=0.439，P=0.017）。65例临床病例分析显示，ABCA5在癌组织与癌旁组织相比处于低表达水平，且ABCA5低表达患者的预后更差（均P<0.05），单因素与多因素Cox回归分析表明ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素（HR=0.327，P=0.032）。TIMER数据库结果显示，ABCA5表达与免疫浸润密切相关。PPI蛋白互作网络显示，有14个与ABCA5相关的互作蛋白；基因-基因互作关系网络图得到20个与ABCA5相关的互作基因。基因富集分析与相关性分析结果显示，ABCA5在胰腺癌中可能与细胞周期和铁死亡有关。ABCA5高表达患者对5种治疗药物的IC50明显低于ABCA5低表达患者（均P<0.05）。结论 ABCA5在胰腺癌组织中低表达并与患者不良预后相关，其表达水平是胰腺癌患者预后的独立影响因素，ABCA5在胰腺癌中的作用机制可能与细胞周期、免疫调节和铁死亡有关。

摘要:背景与目的 肝细胞癌（HCC）是原发性肝癌最常见的病理类型，其起病隐匿，预后较差，位居癌症相关死亡原因第3位。KIF4A在多种恶性肿瘤中呈高表达且与不良预后密切相关，然而其在HCC中的作用及机制尚不清楚。因此，本研究分析KIF4A基因在HCC中的表达情况及预后价值，并探讨相关的分子机制。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）下载获取HCC相关的表达数据和临床参数，使用R语言和Perl包等软件分析KIF4A在正常肝组织、HCC组织中的表达水平及其与临床病理特征的关系。采用Kaplan-Meier生存分析方法和随时间变化的ROC曲线评估KIF4A在HCC中的预后价值；单因素和多因素Cox回归分析用于预测影响HCC患者预后的危险因素。纳入相关临床病理因素，使用R软件构建预测肝癌患者预后的列线图。采用免疫组化法验证KIF4A在HCC组织及其对应癌旁组织的临床标本中的表达水平；GSEA富集分析用于探讨KIF4A在HCC中可能调控的分子信号通路。结果 KIF4A在HCC组织中的表达水平明显高于正常肝组织（P<0.001），且KIF4A高表达患者的总体生存时间（OS）明显短于低表达患者（P=0.002），ROC曲线1、3、5年OS的曲线下面积（AUC）依次为0.783、0.662、0.574。肿瘤临床分期（HR=2.084，95% CI=1.590~2.733，P<0.001）、T分期（HR=1.980，95% CI=1.541~2.543，P<0.001）和KIF4A表达水平（HR=1.113，95% CI=1.062-1.167，P<0.001）与患者OS明显有关，且KIF4高表达（HR=1.089，95% CI=1.034-1.147，P=0.001）是HCC患者预后的独立危险因素。列线图结果显示KIF4A表达水平对总分值有显著影响，而其他临床病理因素对总评分的影响相对较小。免疫组织化学检测证实KIF4A在HCC组织中呈阳性表达，而在癌旁肝组织中呈弱阳性或阴性表达；GSEA富集分析结果提示KIF4A可能参与调控碱基切除修复、细胞周期、DNA复制、错配修复、mTOR信号通路、核酸切除修复、P53信号通路、癌症通路、磷脂酰肌醇信号传导等9条信号通路。结论 KIF4A在HCC组织中呈高表达，与HCC患者的肿瘤临床分期、组织学分级以及生存预后密切相关，并参与调控多条肿瘤相关信号通路，提示KIF4A可能是HCC患者预后预测和靶向治疗的潜在分子标志物。

摘要:背景与目的 铁死亡可作为抗肿瘤作用的新靶点，线粒体相关凋亡因子2（AIFM2）是铁死亡的一个关键调控因子。本研究分析AIFM2在肝细胞癌（HCC）中的表达水平及其与患者临床病理因素、预后的关系，并探讨AIFM2在HCC中的调控网络。方法 利用Oncomine数据库分析AIFM2在HCC和正常肝组织中的表达差异，利用UALCAN数据库分析AIFM2表达与患者临床病理特征的相关性；用LinkedOmics数据平台的LinkFinder模块进行GO分析和KEGG分析；用LinkedOmics数据库分析与AIFM2表达相关的蛋白激酶、miRNA和转录因子；用GeneMANIA数据库分析与AIFM2相关的蛋白质相互作用网络；用cBioPortal分析HCC中AIFM2突变的频率和类型。结果 HCC组织中AIFM2 mRNA表达和DNA拷贝数均高于正常组织（均P?0.05）。AIMF2与晚期肿瘤、淋巴结转移、较高的病理分级和TP53突变明显有关（均P<0.05）。高表达AIFM2的患者明显比低表达AIFM2患者的预后差（P=0.034）。GO和KEGG分析显示，AIFM2相关基因主要富集与线粒体和核糖体功能有关的途径，与细胞氧化磷酸化和转录后翻译密切相关。GSEA分析表明，多种蛋白激酶（MAPK1/3/7）、miRNA（miR-30家族）和转录因子（NFAT）与AIFM2的表达密切相关。cBioPortal分析显示，AIFM2在HCC中的主要变异形式是高mRNA表达，但突变频率低。结论 AIFM2在HCC中高表达，与患者不良预后相关，是HCC诊断和预后的潜在标志物。所揭示的AIFM2在HCC中的调控网络为AIFM2在HCC中的后续研究奠定基础。